Malgré la construction d'un aqueduc romain au Ier siècle après Jésus-Christ sur le territoire de Chaponost, aucun témoignage de cette époque pouvant laisser croire que Chaponost était habité, n'a été retrouvé sur la commune, hormis un antéfixe (motif décoratif de toiture placé en bout d'une ligne de tuiles).
Des fouilles archéologiques réalisées en mai 2006 au pourtour de l'aqueduc romain souterrain, situé dans le quartier des Viollières, ont mis a jour des sépultures datant des III-IV ème siècle de notre ère. Ceci nous amène à supposer que le bourg était habité à cette époque.
Toutefois, la première preuve certaine de l'existence du village est un texte de 1225 qui mentionne le nom de Chaponost. Le village était une paroisse dépendant du prieuré de Saint-Irénée de Lyon. Le prieur de Saint-Irénée exerçait son autorité spirituelle sur la paroisse et détenait également des droits seigneuriaux. Cette seigneurie ecclésiastique a perduré durant 5 siècles. Les seigneurs ne résidaient pas dans la paroisse, ils se contentaient de percevoir les revenus de leurs bénéfices et déléguaient leurs pouvoirs de justice à des laïcs, les capitaines châtelains. Les habitants s'acquittaient des impôts sur les biens immobiliers, sur les ventes et sur les héritages qui se payaient selon le cas en argent ou en nature, tandis que la dîme se payait uniquement en nature (blé, avoine, orge, vin). Le château de Chaponost servait en partie au stockage du produit de la dîme. La grande salle servait d'auditoire de justice et de lieu de réunion pour les habitants venant débattre des affaires du village.
Au XVIII ème siècle, les seigneurs de Chaponost font établir un nouveau registre contenant les droits attachés à leurs seigneuries. Ce document, appelé terrier Contamine, constitue un véritable cadastre d'une grande précision. En effet, il apporte des renseignements sur la physionomie du territoire ainsi que sur la répartition et l'utilisation des terres. Il en ressort que les terres et les vignes couvraient les trois quart du pays.
Le village étant proche de Lyon, la grande propriété bourgeoise se répartit la moitié de la surface des propriétés terriennes recensées sur la commune. En 1758, la commune dénombre 1030 habitants. La population vit alors essentiellement de la terre. Il s'agit principalement de paysans propriétaires, de métayers, de maîtres-valets, de journaliers et de domestiques. Le village vit pratiquement en autarcie.
A la fin du XVIII ème siècle, en 1789, un des premiers changements nés de la Révolution, fut la création des communes. Les élections eurent lieu vers la mi-janvier 1790. Le premier maire de Chaponost fut Aimé Delaroche. Les documents de cette époque conservés aux archives relatent des faits concernant le maintien de l'ordre et la surveillance du territoire. A noter toutefois un fait marquant à cette époque : la condamnation à mort de Laurent Delaréal, maire de Chaponost de 1791 à 1794. En effet, ce dernier fût guillotiné pour avoir soutenu Lyon dans sa tentative de rébellion contre la Convention.
Le XIX ème siècle marque les débuts de la modernité. En effet, les maires successifs mettent en œuvre une politique d'ouverture du village sur l'extérieur à travers la réalisation de grands travaux : création de routes (dénommées aujourd'hui Vieille Route, Route des Aqueducs -RD n°50-), entretien et amélioration des réseaux existants, réalisation d'un pont entre Soucieu-en-Jarrest et Chaponost, ouverture d'un service régulier d'omnibus entre Chaponost et Oullins puis Lyon. Le centre du village connaît de profonds bouleversements : déplacement du cimetière, création d'une place au sud de l'église initiale.Cette dernière, située à l'emplacement actuel du monument aux morts, a été détruite après l'achèvement de la construction de la nouvelle église à la fin du XIXème siècle. Les principales activités caractéristiques de l'époque sont l'agriculture, avec entre autres la culture de la vigne, l'élevage du ver à soie, l'artisanat (charrons, forgerons, maréchaux-ferrants, tonneliers, tisserands, veloutiers ….).
Au début du XXème siècle, les agriculteurs se tournent vers la culture de la fraise et l'arboriculture fruitière, la polyculture (céréales, pommes de terre, colza, betteraves fouragères…) et l'élevage. Pendant la première moitié du XXème siècle, Chaponost compte environ 2000 habitants. C'est une période de grands travaux :
- l'électricité arrive au bourg en 1906, la totalité du village est raccordé au réseau électrique en 1932,
- la ligne de tram OTL, reliant Lyon à Chaponost, est ouverte en juin 1906,
- la ligne de chemin de fer Givors-Paray-le-Monial, déclaré d'utilité publique en 1898, fonctionne jusqu'en 1934 pour les voyageurs. Toutefois, cette ligne est surtout utilisée par les agriculteurs de la commune pour l'expédition des fruits.
A cette époque, les commerces sont prospères. On dénombre 16 cafés-restaurants, casse-croûte, entre 8 et 14 épiceries, 3 boulangeries, 3 boucheries, 3 pâtisseries et un charcutier. Il y a également des commerces plus spécifiques : 2 merceries, 2 modistes, des quincailleries, des bazars, un marchand de journaux et un bureau de tabac.
Après bien des années de querelles entre les partisans de l'école libre religieuse et l'école communale laïque, l'école communale laïque est ouverte en 1909 dans ses nouveaux locaux (bâtiment récemment réhabilité en Maison des Associations - rue Louis Martel). Les classes mixtes sont officiellement introduites en 1927.
Les deux guerres mondiales se sont déroulées à Chaponost comme dans bien d'autres villages de France : jeunes hommes mobilisés, difficultés de ravitaillement, occupation de propriétés par des officiers allemands, installation d'un réseau de résistants sur la commune (le réseau Marco-Polo lors de la seconde guerre mondiale), certains soldats originaires de Chaponost furent emprisonnés, d'autres tués. La libération de Chaponost a lieu le 3 septembre 1944.
L'après guerre est marqué par une évolution croissante de la population. Allant de pair avec cette évolution, les besoins en logements se font d'autant plus sentir. Les élus prennent alors conscience de la nécessité de maîtriser une urbanisation anarchique. Ils tiennent à éviter l'éparpillement des constructions et le coût élevé des équipements publics liés à l'habitat, notamment en matière d'assainissement. Pour ce faire, un Plan d'Urbanisme Local voit le jour en 1968. Lui succède ensuite le premier Plan d'Occupation des Sols approuvé en 1980. Entre autres, les notions de Coefficient d'Occupation des Sols, d'emplacements réservés ou encore la suppression de la possibilité de construire dans la zone agricole des habitations n'ayant pas de vocation agricole apparaissent dans ce nouveau document. La commune se développe également sur le plan économique à travers la création de zones industrielles dans les années 60-70 le long de la route départementale n°42.
La commune doit s'adapter à l'augmentation constante de sa population en créant de nouveaux équipements publics tels que les écoles (Martel, les Deux Chênes, Les Muguets, la Cordelière), le Collège -construit en 1989-, la bibliothèque, la salle des fêtes et le gymnase, la crèche et pour la population vieillissante la construction d'une résidence pour personnes âgées au début des années 90. Plus récemment, un nouveau gymnase a été construit au stade.